Ни разу не закрывалась, ни в дни гонений, ни в дни блокады Ленинграда.

Охта была и есть своеобразным "петербургским Замоскворечьем", очень тихой и уютной частью города, удаленной от петербургской суеты. Такой  размеренный и неспешный ритм обосновал старый купеческий уклад жизни.  Охта была и остается крепка своими традициями и обычаями мало похожими на парадный Петербург. Здесь всегда было много храмов, ровесников Петербурга, монастырских подворьев, часовен, богоугодных заведений, домов презрения, приютов. Все это строилось на средства благочестивых и богобоязненных охтинских и петербургских купцов и мещан.

В 1812 году настоятель Большеохтинской церкви прот. Андрей Журавлев, при участии начальника Охтинской верфи капитана Орловского, убедил купца Григория Григорьевича Никонова построить на кладбище еще одну каменную церковь. Строительство велось только на средства жертвователя купца Никонова и обошлось ему в 10 тысяч рублей. Им же были даны деньги на иконостас, утварь и ризницу. Кто резал иконостас и писал образа - неизвестно. Все работы по строительству, внутреннему и внешнему оформлению церкви были закончены за два года, и 27 сентября (10 октября  н.ст.) состоялось освящение этого небольшого ампирного храма. Посвящен он был святому Николаю Чудотворцу.

После ВОВ 1941-  1945 гг., когда наметилось некоторое потепление в отношении Церкви со стороны государства, Никольским Большеохтинским храмом была выкуплена земля, примыкающая к зданию церкви с севера и запада, а также три склепа на кладбище.

С севера к церкви им был пристроен деревянный придел для отпеваний, возле ограды сооружены деревянные здания крещальни и колокольни (до этого при храме была только звонница). Колокола для церкви были привезены из Новгородской области. Рядом с храмом была выстроена деревянная часовня для отпевания умерших. Ныне она заменена каменной. В 1991 году купол храма был заново покрыт медью.

Среди святых икон храма в начале XX века были: в алтаре с правой стороны в особом киоте — глава Спасителя; за правым клиросом находилась древняя икона Господа Вседержителя, в серебряной позолоченной ризе,— дар купца Ивана Аверина. За левым клиросом помещался образ Божией Матери Тихвинской. На южной стене над могилой Никоновых был устроен киот из серого мрамора с двумя родовыми их иконами — Спасителя и Божией Матери. Некогда в храме было очень много заупокойных икон, оставляемых после отпевания; они почти сплошь покрывали стены.

В настоящее время в Никольской Большеохтинской церкви хранятся несколько чтимых образов. Среди них - древний образ праведного Иосифа Древодела и Смоленской Божией Матери. Самой почитаемой иконой храма является Божия Матерь Скоропослушница.

В  1936 году иконы из разоренных  храмов свезли в охтинские бани, дабы топить ими печи. Один из прихожан Никольского храма, коренной охтянин Л. Л. Лукичёв, спас от сожжения много икон, в их числе и образ прав. Иосифа Древодела, долго прятал, а затем принеся его в Никольский Большеохтинский храм.
Рядом с храмом в честь казанской Божией Матери в 1900—1903 гг. по проекту В. А. Демяновского на средства купцов  Елисеевых была выстроена богадельня на 120 стариков и 30 детей с амбулаторией и школой. После революции храм взорвали, Елисеевскую богадельню закрыли, из нее в Никольскую церковь и была перенесена чтимая икона Божией Матери Скоропослушницы.
В Никольскую церковь был также перенесен чтимый образ св. Параскевы Пятницы из одноименного снесенного  храма на Пороховых.
Из снесенной Георгиевкой церкви в храм пришли иконы: свт. Николая Чудотворца, прп. Сергия Радонежского, прп. Серафима Саровского и вмч. Георгия Победоносца.
Все иконы выстраданы верующими людьми, намоленные столетиями, с непростой судьбой. Это тот мизер, который удалось спасти.

Престольными праздниками в Никольской Большеохтинской церкви являются дни:

- 9 (22) мая — перенесение мощей свт. Николая Чудотворца из Мир Ликийских в Бар.
- 6 (19) декабря — преставление свт. Николая Чудотворца.
- Прихожанами чтятся также: Духов День — в память престольного праздника главного охтенского храма во имя Сошествия Святого Духа.
- 23 апреля (6 мая) — праздник св. вмч. Георгия Победоносца;
- 26 июля (8 августа) — преподобномученицы Параскевы Пятницы;
- 28 июля (10 августа) — иконы Божией Матери Одигитрии (Путеводительницы) Смоленской;
- 9 (22) ноября — Божией Матери Скоропослушницы.
- Память Праведного Иосифа Древодела, Обручника Пресвятой Девы Марии, свершается в неделю праотец и в неделю по Рождестве Христовом.
- По воскресеньям в храме соборно поется акафист Божией Матери пред чтимой ее иконой «Скоропослушница». По четвергам — акафист святителю Николаю Чудотворцу; по вторникам — попеременно прп. Серафиму Саровскому и св. Параскеве Пятнице.